农林系现设有农学、园艺、植物保护和农业资源与环境4个本科专业，有作物学和农业资源与环境2个学术型硕士学位授权点和农艺与种业、资源利用与植物保护2个专业型硕士学位授权点。1958年设立农学专业，1996年批准为省级重点建设专业，1999年开始面向全国招生，2001年天博体育 与青海省农林科天博体育 进行合并，整合了师资资源和办学条件，办学规模进一步加大。2003年作物学获批一级学科硕士授权点，2011年作物学获批国家一级学科博士授权点，并于当年列入青海省重点建设学科。2014年开始以“植物生产类”大类招生。2019年设立了作物学专业博士后科研工作站。拥有国家重点实验室、教育部重点实验室、农业部科学观测实验站等教学科研平台，已建成本科-硕士-博士-博士后的人才培养体系。农学专业2020年入选国家级一流本科专业建设点，园艺专业2022年入选省级一流本科专业建设点。
农林系现有专任教师29人，其中教授4人，副教授12人，讲师11人，实验员2人，其中具有博士学位23人，硕士学位6人，博士生导师1人，硕士生导师15人。近年来师资队伍不断壮大，教学团队学术水平显著提高，现有自然科学与技术学术带头人3人，青海省“昆仑英才·高端创新创业人才”拔尖人才16人、领军人才2人，入选天博体育 教学名师培育计划1人、入选青海省青年骨干教师1人。多位青年教师获得国家级和省级教学竞赛。
近五年主持和参加科研项目70余项，其中主持国家自然基金项目10余项，累计到账经费1800多万元，公开发表论文180余篇，其中SCI论文收录50余篇，取得了丰硕的科研成果。
2022年以来，农林系师生积极参加各类创新创业比赛，累计指导学生人次百余人次，形成多支具有竞争力和创新意识的学生队伍，获得省级及以上荣誉共计20余项，其中国家级奖项3项，徐庭亮博士指导的“飘种未来”在中国国际大学生创新大赛（2025）获得国家级铜奖1项。获批大学生创新创业训练项目10余项，其中国家级立项1项、省级立项1项，获批大学生科研训练项目7项，其中校级重点项目3项。同时，学生积极利用寒暑假开展各类调研实践活动，“乡村守望”实践团队获得2025年全国农科学子联合实践活动“优秀小队”，多次获得校级暑期实践“优秀实践团队”，多名指导教师获得校级以上“优秀指导教师”称号。
农林系有2个实验中心：农学实验中心、高原花卉研究中心；共有11个校外实习实践教学基地。农学实验中心共9间实验室：微生物平台实验室、植物生理生化平台实验室，农学教学科研实验室、园艺实验室，植物保护实验室、昆虫实验室、植物病理昆虫标本室，植物组织培养室、农业资源与环境实验室。高原花卉研究中心共有植物生理生化、组织培养和分子生物学3个实验室。
农林系紧扣“农学国家级一流专业”和“园艺省级一流专业”建设的总体部署，服务于国家区域农业农村发展战略。按照青藏高原特色农林发展的要求，以立德树人为根本，以强农兴农为己任，培养“留得住、下得去、用得上、干得好”的农业生产与经营管理等方面的创新性应用型人才。